薬疹も出て、除菌も失敗とは残念でしたね。
まず、第一に除菌判定ですが、除菌終了後最低８週間以上は経ってから行っていますか？
判定の方法は尿素呼気試験（錠剤を飲んで袋に息を吐く方法）か便中ピロリ抗原検査（便を提出する方法）のいずれかで行っていますか？
除菌後の期間や方法が違う場合は誤った判定の場合があります。
再度、除菌判定を行ってください。
次に、期間や方法が適切であった場合、保険の2次除菌からサワシリンを抜く方法は一般的ではなく、おすすめはいたしません。
通常は、自由診療で2種の抗生剤と1種の制酸剤を内服してもらいます。
では、薬疹の出る確率ですが、抗生剤には何種類かの系統があって大抵はそのうちの１つ多くても2, 3の系統にアレルギーがあるのが普通です。ですから、抗生剤というカテゴリーは同じでもその系統をずらせば再度アレルギーが出る確率は低いです。
ただし、いくつもの系統の抗生剤がダメな方もいますので、絶対に薬疹が出ない保証はできません。
最後に、1次除菌で、タケキャブという新しい制酸剤を使った場合の除菌率は95%程度とかなり効率（従来の制酸剤の場合は70〜80%程度）です。制酸剤がなんだったのかも確かめてください。もし、タケキャブ以外の場合は次の除菌ではタケキャブを使用してもらうようにお願いしてください。
逆に、タケキャブで薬疹が出る場合もありますので、１次除菌にタケキャブを使っていた場合は、次の除菌で、より高率に除菌することを狙うためにタケキャブを使うのか、薬疹の確率を下げるためにあえてタケキャブ以外の制酸剤を使うのか考えどころです。そこは、主治医の先生と十分に相談してください。
いずれにせよ、納得した治療を選択してください。
次は除菌できるといいですね。