クラリスを3日程度服用しただけで、便中ピロリ抗原検査の結果は変わらないとの考えもありますが、保険診療上は検査はしてはいけないことになっています。つまり、結果に影響がないとは言えないとの見解なのでしょう。質問者さんは、結果に疑問があるようですし、改めて検査されてはどうですか？
ちなみに、保険診療では２種類の検査が可能ですが、基本胃カメラが必要です。
また、２種類の検査を順番にするのか、同時にするのか、その組み合わせなどいろいろと細かい話もありますし、主治医に相談されるのがいいかと思います。