人間ドックではおそらく、血中ピロリ抗体検査をしていると思いますが、この値はわかりますか？以前は10以上を陽性としていたのですが、最近は３以上を陽性とする施設もあります（一番いいのは3から10を正常高値として他の検査にまわすやり方です）。そのため基準が違うので、3から10の場合人間ドックでは陽性。次の施設では陰性ということはありえます。
本来は、すでに血中抗体をしたのであれば、胃カメラ後に再度血中抗体を行うのではなく、尿素呼気試験、便中抗原検査をすれば胃カメラ以外に人間ドックで１種類、保険診療で２種類の検査ができていました。
ですが、保険では胃カメラ後に２種類の検査しかできませんので現状ではこれ以上の追加検査は自費になってしまいます。
では、最終判断はどうするかですが、これは内視鏡の所見が決め手になります。これまでの経緯をきちんと主治医にお話しして、内視鏡医の責任で判断してもらってください。