除菌後に変化があったので、ご心配でしょうね。
腹痛の場所はどの辺りですか？
上の方、あるいはヘソの下でしょうか？
実際、除菌により数日お腹の調子が悪い人はいます（それほど頻度は多くないですが、びっくりするくらい希でもないです）。
しかし、今回の場合がそれに当たるのかは診察しないとわかりません。
お手数ですが、除菌薬を処方した医療機関で診てもらうのがいいと思います。