まず、除菌中止でピロリの除菌が可能かということですが、どのくらい薬を服薬した時点で中止したかによります。ある程度、4日以上くらい服用している場合は、除菌できていることもあります。
除菌薬の抗生剤は胃内のPH（酸性・アルカリ性の度合い）がより高い（酸性の度合いが低い）方がよく効きます。しかし、以前に除菌に使われていた制酸剤では胃酸を抑えるまでに時間がかかり、除菌開始後すぐに除菌にとって良い状態を作り出せていませんでした。
ところが、数年前から出ている制酸剤は、すぐに胃酸を抑えることができるので、除菌開始直後から抗生剤が効果的な働きをすることがわかっています。そのために、実質除菌に7日はいらなくなっているのかもしれません（今の所、きちんとしたデータで証明されているわけではありません）。
おそらく、質問者さんも除菌できているのでしょうが、気になるようなら、また、来年の胃カメラの後にでもピロリ菌の再チェックをしてみてはどうですか？
また、残念ながら口臭の原因はこの質問からはわかりません。