結果にばらつきがあると、混乱しますね。
まず、尿素呼気試験の感度（本当に陽性のときに陽性と判定する確率）と便中ピロリ抗原検査の特異度（本当に陰性のときに陰性と判定する確率）は、報告により違いはありますが、概ね同じようなものです。また、確率に差があったとしても、所詮確率論にすぎませんから、あまり確率は気になさらない方がいいと思います。
それよりも、尿素呼気試験を受ける前に胃カメラはされていますよね？その時の所見はいかがだったでしょうか。除菌後一年経てば、ある程度除菌後胃粘膜になっていると思いますので、その所見を参考に再除菌するかどうか決めるのがいいと思います。
なお、念のためですが、尿素呼気の前に胃薬とかは服用してないですよね？薬の種類によっては尿素呼気試験が偽陰性になる場合があります。
それから、除菌後には血中抗体検査はあまりむきません。除菌後も数年にわたり高値を示す場合があり、陽性の場合は結局混乱します。
繰り返しになりますが、胃カメラの所見を元に、主治医の先生とご相談ください。