ピロリ菌陽性でも、胃カメラでの評価がなければ（少し例外はありますが）健康保険で除菌ができません。
ですから、除菌前に胃カメラを行うことは通常の手順です。
また、40歳以上のピロリ菌がいる人に胃カメラを行うと、概ね1〜２％の確率で胃がんが発見されますので、健康保険上の手順という意味だけではなく胃カメラは必要な検査とご理解ください。
さて、ここまではいいのですが、胃の状況は通常目で見て判断します。生検を行う場合は、胃がんなどが疑われて、それを確かめるためです。
生検によるピロリチェックは、偽陰性（本当は陽性なのに陰性と検査上なること）の確率が多いことが指摘されています。
一度、血液検査で陽性と出てるのに、なぜ生検を行ったのかは状況がわからないので、なんとも言えませんが、単にピロリを再検する目的の生検ならばなくてもよかったかと思います。
また、血液検査でピロリ陽性なので除菌を行なったことは通常のことだと思います。