粘膜面の見た目でピロリ菌に感染しているかどうか（除菌できたかどうかではなく、そもそも感染しているかどうかということです）を判定することは比較的易しいのですが、除菌判定を行うのは比較的困難です。どうしてもグレーゾーンというか、判定に困る場合があります。ですから、除菌できてるかどうかを粘膜面の見た目で行うことには反対です。
しかし、今回の場合は１年前に何らかの形で除菌成功と言われたんですよね？
そうであれば、通常は見た目で問題がなければ再チェクはあまり行わないのですが、主治医に気になった点を聞いてみるのがいいと思います。