悩ましいところですね。
確認ですが、先日の先生は胃カメラ画像を見てピロリ菌がいると判断して組織をとって陽性だったということですね？
この場合いくつか疑問があります。
①胃カメラの先生は毎年同じ先生で、以前はピロリ陰性の胃カメラ所見だったが、今回は陽性だったとおっしゃってるのでしょうか？
②3年前も組織をとって陽性だったのでしょうか？
あくまで、一般論ですが成人してからのピロリ初感染はかなり珍しいですが、絶対にないとは言い切れません。ですから元々陰性で陽性になったということも否定はできないのですが、他に前回の陰性が間違いだった（偽陰性と言います）、あるいは今回の陽性が間違いだった（偽陽性と言います）も考えられます。特に今回は若干の反応ということなので微妙ですね。解決方法としては、
①3年前のピロリ検査が組織を取るものでなければ、3年前と同じ検査をもう一度する
②その結果陰性なら別の検査をやってみる
でしょうか？
ただし、ピロリ検査は一度の胃カメラ検査後２回までしか保険でできないので、②は自費検査になります。
もう少し、詳しい情報をいただければよりきちんとお答えできるかもしれません。