少し難しい話になりますが、胃酸が多い状況ではピロリ菌は増殖しにくくなるのですが、除菌で使われる抗生物質はピロリ菌の増殖期に良く効くので、胃酸が多い状況では抗生物質が効きにくくなります。そのため、除菌中に制酸剤を使用します。
ココアは確かカフェインが多いはずなので、胃酸分泌を刺激するはずです。そう考えるとココアはやめたほうがいいと思うのですが、ココアで除菌率が上がるというデータがあるなら（すみませんが、私はそのデータを知りません）、そのデータの発表元に根拠をお聞きになるのがいいと思います。乳製品は特に問題ないと思いますよ。