お辛いですね。
除菌をなさるかどうかは、あんずさん次第です。
ピロリがいたからといって必ず除菌しなければならないことはありません。
ただ、これまでのデータでは胃がんを内視鏡でとった人に除菌を行うことで胃がんの再発率は1/3になることが分かっています。胃がんができるほど萎縮性胃炎が進んでいない胃粘膜の場合はさらに胃がん発症率は下がることが見込まれます。
あとは、そのメリットと下痢というデメリットを天秤にかけてどう選択するかです。
迷われるようなら、主治医がきっと相談に乗ってくれるはずです。
お腹に影響がでにくい除菌方法ですが、１次除菌に使われるマクロライド系抗生剤は結構お腹に来る確率が高いので2次除菌や3次除菌を行うてもあります。ただ、現在の下痢がマクロライド由来ではなくペニシリンによるものでしたら、また下痢になるかもしれません。あと、保険診療でできるかどうかの話もあるのでこれも主治医に相談してください。
また、どこまで効果があるかは人によりますが、整腸剤や乳酸菌飲料などを一緒に使用すると下痢が減るというデータもあります。
さらには、下痢止めを使うのも一つの方法です。この辺もきっと主治医が相談に乗ってくれると思いますのでよく相談してください。