主治医の先生の意図が分からないため、この指示自体がどうということはできませんが、一般論で言います。
2次除菌でメトロニダゾールを使用している間以外で禁酒が必要なことはありません。
一度、主治医の先生に意図に関してお聞きになったらいかがでしょうか？
ですが、これも一般論ですがお酒はいつも控えめの方が体にいいと思いますよ。