２次除菌に使用されるフラジールがアルコールの分解の途中を阻害するので、２次除菌中はアルコール禁止になっています。ですから、除菌後はアルコールは飲んでいただいて大丈夫です。
除菌判定前に飲んではいけない薬ですが、少なくとも２週間前からは一部の制酸剤と抗生物質は除菌判定に影響が出るのでおやめください。詳細は除菌を行ったクリニックにお問い合わせください。