除菌が成功すると胃酸分泌が亢進して逆流性食道炎になる人がいます。もしかすると、今回の症状はこれかもしれません。除菌後の逆流性食道炎は一時的な場合も多いですが、症状が重いようでしたら医療機関を受診してください。制酸剤で治療できます。
ただ、逆流性食道炎様の症状があるからと言って必ず除菌できているわけではないので、必ず除菌判定は少なくとも除菌後2ヶ月経ってから受けてください。除菌できてるといいですね。