除菌後の再感染に関しては、皆さんご心配だと思います。
ピロリ菌は5歳以下ぐらいの、胃酸もあまりでておらず免疫も十分でない場合にのみ感染し、大人ではあまり感染しないと考えられています。ただし、菌量の問題もありますし確実ではありません。その井戸水は汚染の状況等調べることはできないのですか？ピロリ菌以外の菌の問題も考えられますよ。