質問者さんも混乱され、困っておられると思いますが、この情報だけでは私もわかりません。まず、潰瘍や胃炎がないピロリ菌現感染（今、ピロリ菌がいるということ）はいくらでもあるので、なぜ既感染と判断されたのかわかりません。次に、今回の血液検査で陽性とのことですが、検査方法（ラテックス法）の場合は偽陽性（本当は陰性なのに検査結果は陽性となる）こともあります。
まず、他の検査方法、尿素呼気や便中ピロリ抗原検査を行なって今感染しているかどうかをはっきりさせることが一番大事です。
①現在、現感染なら除菌は必要です。そのためにも現状をはっきりさせましょう。
②おっしゃることはわかりますが、ではなぜ既感染と判断されたのでしょう？いまいち内視鏡の所見と判断がスッキリしないので、この状態でこの議論をしても意味がないと思います。
③確かにこのような報告はありますが、きちんとした洗浄を行なっている内視鏡であれば感染はないと考えられます。
まずは、現状を確かめることから始めてください。