腸内細菌の変化の話は確かにありますが、匂いに関したことは聞いたことがありません。
ただし、1次除菌で使用されるマクロライド系の抗生剤は副鼻腔炎の時にも使用されるものです。もしかすると質問者さんが極々軽い副鼻腔炎で、それが改善したのかもしれません。
あくまで、想像ですが。