除菌後の胃粘膜の改善は、除菌時の胃粘膜の萎縮程度で決まります。
我々が胃カメラで見ても萎縮がわからないくらいまで改善する場合もありますし、ほとんど改善しない場合もあります。またその経過に費やす時間もまちまちです。
一言で言ってしまえば人によるということですが、傾向から言えば若年で除菌すればするほど萎縮は消失すると思っていただいて大丈夫です。
ですから、質問者さんの疑問”しょうがないのですか？？”に対する答えは、しょうがない場合もあるし、しょうがなくない場合もあるということです。
検査の先生に改善度合いを聞いてみるのも手です。