喫煙者群と非喫煙者群の除菌成功率は差があるという論文とないという論文があり、特に喫煙者用がボノサップ800というわけではありません。400と800は事実上大きな差はありませんので、それぞれの医師の裁量で選択されていると思います。今回の選択の理由に関しては処方された先生に聞かれるのがいいと思います。