ピロリ菌除菌治療開始のタイミング

ふた月ほど前から度々胃痛と食欲不振に悩まされていました。
現在通っている眼科で鎮痛剤の処方箋と共に処方されているネキシウムカプセルを服用して、なんとか仕事をしながら日常生活を送っていましたが、数日前からネキシウムカプセルを服用しても、食事をすると胃が痛み、我慢できず消化器内科を受診したところ、ネキシウムカプセルと安中散を処方されれ、血液検査をすることになりました。後日、内視鏡検査をしたところ、ピロリ菌と逆流性食道炎であることがわかり、ピロリ菌除菌のため、ボノサップ400を処方されました。
ただ、現在、ネキシウムカプセル20mgと安中散を飲むとなんとか食事ができる状態で、薬を服用せずに食事をすると、少し食べただけで、胃の痛みと膨満感が起こるような状況です。
処方箋薬局の薬剤師に、除菌のお薬は強いお薬なので、大丈夫ですかと言われ、不安になりました。
このような状態で、ピロリ菌除菌の治療を始めでも大丈夫なのでしょうか。
また、安中散は、併用してもいいのでしょうか。
どうぞよろしくお願いいたします。