質問者さんも困ってらっしゃるとは思いますが、
①そもそも萎縮はあるか？
②萎縮は現感染なのか既感染なのか？（偶然除菌と言って、これまでの人生の中で除菌されることがあります）
③ヘリコバクター族の他の菌やA型胃炎の可能性はないか？
④便中ピロリ抗原検査や血中ピロリ抗体検査など他の検査はしないのか？
など、幾つも明らかにしないといけない点があります。
これを、この場で行うことは不可能です。
質問者さんが選択できる選択肢は、もっと主治医に詳しく聞く　あるいは　セカンドオピニオンを対面診療でお願いする　ではないかと思います。