保険適応にするかどうかは、それぞれの医療機関の考え方もあるので一概には言えません。
しかし、例えば私のクリニックの場合でしたら、この場合は質問者さんは萎縮性胃炎という病名がつきますので保険診療で胃カメラを今後も行います。
ただ、今回のような薬疹が出た場合の2度目の除菌は通常全てのお薬を別のものにしますので、また薬疹が出る可能性は低いですよ。下痢も同様にまた起こるとは限りませんし、今度は予防的に整腸剤を使用するのもいいと思います。ピロリ菌は胃がんの元ですから、毎年の胃カメラで早期発見を狙うよりも除菌で胃がん予防をおこなった方がいいと思います。
追加ですが、残念ながら私が今提案している別の除菌は残念ながら保険が通らないので自費になります。除菌判定も自費ですが、その後の胃カメラはこの場合も保険になります。