除菌中は甘いものや刺激物、油物などいろいろ控えるように言われると思いますが、あくまで控えてくださいであって絶対摂らないでくださいではありません。胃のなかに胃酸が多い状況ですと、ピロリ菌が増殖期に入りにくくなります。一方、マクロライドやペニシリンといった抗生剤は細菌の増殖期に効果が強くなるため、できれば胃酸があまりでないようにした方が除菌成功率が高くなります。
そのため、いろいろ制限を言われるのですがストレスもまた胃酸を分泌させることがあるので、無理のない範囲で控えていただく程度でいいと思います。甘酒、適度にどうぞ。