90歳で、食欲旺盛とはすごくいいことですね。
さて、高齢者の除菌に関しては現在賛否有りますが、
私は、状況に応じてお勧めしています。
理由は癌のことよりも潰瘍に関してです。
高齢者の場合、他の疾患で抗凝固剤（血をサラサラにする薬）を飲む場合が多いです。お父様の場合も現時点で飲んでいるか、これから飲む可能性は大いにあると思います。
その際に、抗凝固剤は潰瘍の出血のリスクを高めますので、現時点で特に問題なく除菌ができるのであれば除菌をお勧めしています。
もちろん、現在のお父様の他の疾患の有無、お元気度加減等多くのことを加味しての判断になるので、十分に納得いくまで主治医と話し合うのがいいのではないでしょうか？