1次除菌中の飲食物の考え方ですが、そもそも除菌成功率を下げないようにするためというのが根本的な考え方です。
1次除菌に使われるペニシリンもマクロライドも（ともに抗生剤）対象となる菌が増殖期に効果を発揮しやすいです。一方、ピロリ菌は酸性条件下では自身を守るためにウレアーゼ活性とう状況を作り出すのですが、この場合ピロリ菌はあまり増殖しなくなります。つまり、ピロリ菌はあまり強酸でない状況下の方が増殖しやすく、ひいては抗生剤への感受性が高くなります。
ですから、胃酸が多く分泌されたり、分泌された胃酸が十二指腸に流出しない状況下では除菌成功率が悪くなります。ですから、飲酒やコーヒーなどは控えめにしていただいた方が無難でしょう。