すみません。専門外なので、用語がよくわからないのですがタイミングとは受精の可能性があるという意味ととってよろしいでしょうか？
その場合、妊娠中の除菌薬の悪影響に関してですが、まず抗生剤のペニシリンおよびマクロライドに関しては通常の容量に関しては問題ありません。制酸剤のタケキャブですが、治療上の有益生が危険性を上回る場合にのみ投与することとされており、禁忌（絶対だめ）ではありません。その辺の判断は専門的観点から婦人科の先生が行っておられるので大丈夫ではないでしょうか？
曖昧な答えですみません。