眠気が強くてお辛いですね。
一次除菌で問題なくて二次除菌で生じた副作用なのでメトロニダゾールの副作用だとおもいますが、眠気はあまり聞かない副作用です。メトロニダゾールの場合、中枢神経症状(めまいやふらつき、幻覚とか)の副作用があり、その場合は中止です。今の眠気が脳症の可能性がないかは医療機関でみてもらったらどうですか？そうでなければ、あとはご本人次第になります。いずれ除菌はした方がいいので、中止した場合は三次除菌になりますが、これは自費になります。そのことを踏まえて耐えられない眠気なら中止せざるを得ないと思いますし、周りの手助けでなんとかなりそうなら続けられたらいいと思います。
あと、なさってないとは思いますが、この状況では運転は避けてください。