胃カメラでピロリ菌は大きさ的に見えるはずがないので、病理検査（粘膜を一部取って、顕微鏡の検査をすること）を行なったということでしょうか？
考えられるのは
①胃カメラでピロリ菌による粘膜萎縮がみられたということを、質問者さんがピロリ菌がみられると誤解された。→除菌後も粘膜の萎縮は年単位で継続しますので、これは全く不自然ではないです（ピロリ菌がいるということではありません）。
②胃カメラで見たのではなく、病理検査で確認したというなら、除菌判定の偽陰性が考えられます。→除菌前に尿素呼気試験を行なっていないので、元々尿素呼気試験に反応していない可能性があります。再度、便中抗原検査で確認されたらどうでしょうか。
③ピロリ菌の除菌後再感染。→短期間ですし、日本で普通に暮らしていたのなら可能性は低いと思います。