つい先日の質問でも同様の内容がありましたが、全ての検査には偽陰性があります。もしかすると今回のケースも除菌判定の際の尿素呼気検査偽陰性だったかもしれません。次に除菌を行う前に、尿素呼気検査でも陽性が出るかは確かめた方がいいと思います。また、この生検は培養検査や鏡検法でしょうか？迅速ウレアーゼ活性の場合は偽陽性が出る場合があります。もちろん、培養法や鏡検法でも偽陽性はないわけではないです。一番確かなのは、内視鏡の所見で今回の萎縮は前回と比べてどうなっていますか？まず、そこの評価をしっかり行なって、感染継続ないしは再感染が疑われるなら、尿素呼気検査や便中抗原検査で除菌前には陽性であることを確認してから除菌することをお勧めします。
しかし、今回の生検はそもそも何のために行い、なぜピロリをチェックしたのでしょうか？そこの意図をよろしければ教えてください。