除菌は、除菌薬を飲み終わった時にはすでに終わっています。除菌判定をするまでにしばらく開けるのは、除菌失敗であった場合でもピロリ菌は少なからず除菌によるダメージを受けているため十分なウレアーゼ活性を示すことがなく偽陰性になる場合があるからです。偽陽性を示すこともあるようですが、この仕組みは分かりません。
自覚症状が改善はしているが今一つとのことですが、これに関しては除菌はできているものの粘膜が十分に改善していない場合もありましょうし、そもそも自覚症状自体がピロリ菌と関係ないもの（例えば逆流性食道炎）の可能性もあります。胃カメラの所見はどうだったのでしょうか？ご心配でしょうから、胃カメラをなさった先生に所見を詳しく伺ってみるといいと思います。