除菌では２種類の抗生物質（細菌を退治する薬）と１種類の制酸剤を使います。抗生剤自体で胃部不快感を生じることはあっても、潰瘍まではいたりません。また除菌で使用する制酸剤は非常に強力ですから一般的には潰瘍の心配はないでしょう。ですが、みぞおちの強い痛みが生じた場合は医療機関に相談してください。