ピロリ菌の除菌は主に抗生剤（細菌を退治するお薬）で行います。
しかし、最近では抗生剤は色々な場面（急性上気道炎、膀胱炎、副鼻腔炎など）で使われますので、ピロリ菌がそれに慣れて強くなっている場合があります。これを耐性といいます。
耐性を持ったピロリの場合、通常の除菌（一次除菌）では退治できませんので、別の抗生剤を使った除菌を行います。
おおむね、二次除菌までで退治できますが、それでも残った場合は、現在は保険適応ではありませんが三次除菌まで行う医療機関もあります。

退治しにくいピロリ菌には、薬の種類を変えて対応する工夫がなされています。
むやみに、抗生剤の量や回数は多くの研究を経て決められたものですから、これを変えることは副作用の問題もあるのでお勧めできません。

三次除菌ができるかどうかは各医療機関にお問い合わせください。