血中ピロリ菌抗体検査は、除菌しても当面下がらないように、おっしゃるようにPPIなどの影響は受けにくいです。しかし、そもそもPPI内服中のピロリチェックは保険診療上禁じられています。質問者さんが自費診療で受けられたのでなければ、その総合病院でどのような処理をされたのかは分かりません。
次に、抗体定量0.4とのことですが、通常は３未満の数字は測定範囲以下で出てきません。３以上の数字、あるいは３未満との表記で結果が出るはずです。仮に質問者さんの記憶違いでこの数字が４であった場合は偽陰性の可能性が出てきます。現在主流として行われている検査（最近になり違った検査キットも出てきていますが）では１０未満を陰性としていますが、３以上１０未満の場合は約１割の可能性で偽陰性が混じっているとされています（もちろん、３未満でも頻度はもっと低くなりますが偽陰性は混じります）。ですから、もう一度結果をご覧になって４であった場合は、PPIを止めた後での再検を強くお勧めします。方法は尿素呼気試験ないしは便中ピロリ抗原検査がいいと思います。
タケキャブの件です。その記事を読んでいないので、直接その記事の内容を評価することはできませんが、タケキャブもPPI同様にピロリ菌の静菌作用があることは学会レベルでの常識です。
ヨーグルトなどは、除菌中に摂取すると、（限られた論文での意見ですが）除菌率が上がる、副作用が低減するとの報告はありますが、単独でピロリチェックに影響するということはありません。特に気にしていただかなくて大丈夫です。