除菌のお薬は抗生物質２種類と胃酸を抑える薬１種類で構成されています。そのうち、抗生物質がピロリ菌をやっつけるのですが、抗生物質はピロリ菌の増殖期という時期に、より効果を発揮することがわかっています。この増殖期はピロリ菌の周りの環境が、より酸性でない時に生じます。ですから、その状況を作り出すために除菌のお薬には胃酸を抑える薬が加えられています。
さて、コーヒですが、その成分のカフェインが胃酸を分泌させる作用を持ちます。胃酸は酸性ですから、除菌の際には好ましくありません。絶対に飲んではダメとまではいきませんが、控えた方がいいでしょうね。